桑峰

关于

Fri, 29 May 2026 00:00:00 +0000

关于此处
#

很久之前就想找一个地方把自己的废话写下来。一是方便自己回头感叹当初有多幼稚；二是我的记忆真的不是很好，过段时间遇到了同样的问题，根本想不起来当初是怎么处理的，写下来方便自己记忆和查阅；三是有些东西也是做事时走过的弯路，写下来如果能帮到遇到同样问题的人，也是一件好事。

午后散步

Thu, 14 May 2026 00:00:00 +0000

天阴阴的，白鞋显得更加白了。草地虽然乱糟糟的，但因为表面是潮湿的，所以也挺有质感的。

R语言中的异常处理：TryCatch

Mon, 08 Apr 2024 00:00:00 +0000

TryCatch in R

周总结-心理统计学笔记

Mon, 25 Sep 2023 00:00:00 +0000

单样本设计
#

单样本的z检验
#

统计量计算公式：\(z_{obt}=\frac{\overline{X}_{obt}-\mu}{\sigma/\sqrt{N}}\).

周总结-tibble中添加行

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

Add a new row into a empty tibble in R
#

There is a simple example below.

Neurology | 利用神经解剖规范化建模揭示AD个体水平的神经解剖异质性

Thu, 14 Sep 2023 00:00:00 +0000

阿尔茨海默（AD）是一种高度异质性的疾病，即在临床表现和神经生物标记上表现为显著的个体差异。这些差异包括遗传基础、症状表现、发病年龄、发病轨迹和严重程度、生物标记物、合并症和脑萎缩模式。然而传统的统计分析聚焦于组水平的平均情况。其背后基本的统计假设是AD以相同的方式影响不同的患者。然而，为了实现AD的精准医疗，我们需要超越平均的视角，并且设计统计方法来反应个体水平上的异质性。神经解剖标准化建模可以依据一个期望的正态分布/随时间变化的轨迹提供个体水平上的统计推断。在本研究中，研究者利用一个最近实现的规范化建模框架，层级贝叶斯回归，分析了1）不同个体患者在离群值分布上的神经解剖变异性；2）定量地分析了被试间不相似性的组间差异；3）建立了神经解剖离群值和认知表现和AD生物标记物之间的关系；4）并且探究了离群值的数量是否与随后从MCI到AD的转化有关。

《心理统计学》笔记

Thu, 10 Aug 2023 00:00:00 +0000

拒绝零假设不意味着我们了解总体均数之间的差异大小，因为即使一个很小的差异，在足够大的样本量下，依旧可以得到显著的结果。总体均数间的差异大小可以通过构建均数的置信区间或者计算效应量来评估。

周总结-ggplot2作图

Thu, 27 Jul 2023 00:00:00 +0000

用ggplot2做饼图（Pie plot）
#

library(tidyverse)

── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr 1.2.1 ✔ readr 2.2.0
✔ forcats 1.0.1 ✔ stringr 1.6.0
✔ ggplot2 4.0.3 ✔ tibble 3.3.1
✔ lubridate 1.9.5 ✔ tidyr 1.3.2
✔ purrr 1.2.2 
── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors

dat <- tibble(y = c(1, 2, 3, 4), x = c('A', 'B', 'C', 'D'), color = c("#A6C9D5", "#B3DF7F", "#B76ED5", "#DA9083"))
dat

# A tibble: 4 × 3
 y x color 
 <dbl> <chr> <chr> 
1 1 A #A6C9D5
2 2 B #B3DF7F
3 3 C #B76ED5
4 4 D #DA9083

dat %>% 
 # 让四种类型堆叠在一起，用不同的颜色填充
 ggplot(aes(x = '', y = y, fill = x)) + 
 geom_bar(width = 1, stat = 'identity') +
 coord_polar("y", start = 0) +
 labs(fill = 'X', title = 'Title') +
 scale_fill_manual(values = dat$color) +
 theme_minimal(base_size = 20) +
 theme(
 axis.title.x = element_blank(),
 axis.title.y = element_blank(),
 panel.border = element_blank(),
 panel.grid = element_blank(),
 axis.ticks = element_blank(),
 plot.title = element_text(size = 14, face = 'bold'),
 axis.text.x = element_blank(),
 legend.position = 'right'
 )

# 输出图片的大小
# ggsave('filepath.pdf', width = 14, height = 8)

修改.label.gii文件的颜色
#

import nibabel as nib
import matplotlib as mpl

lhGiiPath = 'xxx.label.gii'
lhGii = nib.load(lhGiiPath)
lhGii.labeltable.labels[0].rgba = mpl.colors.to_rgba('#ABCD11FF')
nib.save(lhGii, 'new_xxx.label.gii')

其中label.gii文件中的颜色信息可以通过lhGii.labeltable.labels返回；通过对其赋值可以修改对应的颜色；

周总结-DICE分数

Tue, 13 Jun 2023 00:00:00 +0000

两个集合计算DICE分数并评估显著性
#

假设有两个集合X和Y，它们的DICE分数是X和Y交集的元素个数与X和Y并集元素个数比值再乘2. 它的显著性可以通过将X和Y的元素放在一起后，再随机抽取出与X和Y集合相同元素的集合，并计算DICE分数。通过多次抽取，构建DICE的零分布，并计算真实的DICE分数在分布中的位置，来得到显著性。

周总结-数据转换

Thu, 25 May 2023 00:00:00 +0000

转换数据
#

问题：假设有两组数据X和Y，要求转换Y，使得转换后的Y曲线下面积与X的曲线下面积相同。

周总结-slumr作业系统/AUC计算/传输数据

Sat, 13 May 2023 00:00:00 +0000

slumr作业调度系统
#

当因作业名太长，而无法用squeue命令看到对应作业的name时，可采用以下方法：

典型相关分析CCA

Wed, 10 May 2023 00:00:00 +0000

典型相关分析（Canonical Correlation Analysis, CCA）可以计算两组变量（每组变量包含多个变量）之间的相关。参考Pearson相关，它只能计算两个变量之间的相关。本文主要介绍笔者在使用CCA的过程中的理解，可能存在不准确的地方。详细的原理，请参考：https://www.cnblogs.com/pinard/p/6288716.html。

论文写作：完美诞生自计划

Thu, 13 Apr 2023 00:00:00 +0000

本文摘选自《心理学最佳入门》（【美】桑德拉·切卡莱丽诺兰·怀特著周仁来等译）。

R包安装报错

Fri, 09 Sep 2022 00:00:00 +0000

Error: C++14 standard requested but CXX14 is not defined
#

参考：https://www.zxzyl.com/archives/1283/

RMarkdown和ggplot2

Sun, 10 Jul 2022 00:00:00 +0000

R Markdown图表交叉引用
#

在R Markdown中给图表添加引用是首先需要在文件的输出格式设置为以下三种之一。

配准方法示例

Thu, 07 Jul 2022 00:00:00 +0000

配准可以把不同空间中的脑影像进行对齐。典型地，在下面场景中就需要用到配准。

对PET图像进行归中心处理

Thu, 24 Mar 2022 00:00:00 +0000

本段代码参考自：https://github.com/DlutMedimgGroup/Chinese-Brain-PET-Template/blob/master/Matlab%20Scripts/Reset_Origin.m

FreeSurfer笔记[2]

Tue, 15 Mar 2022 00:00:00 +0000

The measures about curvatures
#

mris_curvature_stats
#

?h.smoothwm.xxx.crv is the the binary-curvature files where xxx is the different measures. Detailed descriptation is as follows:

FreeSurfer笔记[1]

Fri, 11 Mar 2022 00:00:00 +0000

Outputs
#

FreeSurfer首先去除颅骨（stripped skull），生成brainmask.mgz文件，并进一步分出灰质、白质和皮下结构，保存在aseg.mgz文件中。与此同时，得到白质/灰质的初步估计（?h.orig），随后对分界面进行进一步的调整得到?j.white。在?h.white的基础上，分界面继续向外膨胀得到?h.pial，并进一步膨胀得到?h.inflated。?h.sphere为?h.inflated膨胀形成的球面。可以用来与其他空间图像进行配准（例如fsaverage）。

CIFTI文件的读取和可视化

Tue, 22 Feb 2022 00:00:00 +0000

CIFTI (Connectivity Informatics Technology Initiative) 是HCP项目中开发的神经影像存储格式。具体可参考2016年Glasser等人发表的文章(Glasser et al., Nature neuroscience, 2015)。开发者在GitHub上提供了读写的MATLAB工具包，可在此处下载：https://github.com/Washington-University/cifti-matlab。

Singularity-05-Matlab&fmriprep

Mon, 21 Feb 2022 00:00:00 +0000

运行MATLAB
#

使用matlab镜像运行matlab可使用如下命令：

下载templateflow

Fri, 18 Feb 2022 00:00:00 +0000

templateflow中包含了一些典型的神经影像脑模版，可在fmriprep等工具中使用。本文主要介绍如何下载templateflow。

Singularity-04-安装MATLAB

Thu, 17 Feb 2022 00:00:00 +0000

以下是记录本人在使用学院高性能计算平台运行singularity中遇到的问题以及相应的解决方法，不一定适用于其他场景。

确定图像中的cluster

Wed, 19 Jan 2022 00:00:00 +0000

问题
#

我们在对神经影像数据做完统计后（例如ICA），会得到相应的mask二值文件。但是有些情况下，我们还需要进一步对mask中每一个cluster进行分析（例如计算mask中每个cluster之间的功能连接）。所以我们需要从mask文件中得到每一个cluster。由于没有想到有哪个现成的工具包可以解决上述的问题。因此，本文试图用自己的方式去解决上述的问题。

Python for Neuroimage data

Sat, 20 Nov 2021 00:00:00 +0000

DICOM文件
#

DICOM格式是医学成像设备输出的统一的文件格式，它包含数据头信息和数据信息两部分。其中头信息包含扫描设备的信息以及被试的信息等，另外还包括其他关于数据的元信息。数据部分是扫描设备采集到扫描物体的信号值。

周总结-自定义Colormap/误差棒柱状图

Fri, 19 Nov 2021 00:00:00 +0000

自定义Colormap
#

在一些场景下，我们需要自己构造数字与颜色的对应关系。比如，我们在探究每个ROI随龄变化的趋势时，我们需要将回归方程中年龄的系数展示在脑图上。朴素的想法是，我构造一个关于系数与颜色的映射关系，给定某一系数，就返回相应的颜色。实现方法如下：

Toolbox for WMH

Sun, 07 Nov 2021 00:00:00 +0000

介绍
#

白质高信号（white matter hyperintensity, WMH）是一种因脑白质病变导致的、在T2 Flari像上表现为高灰质值的现象。在相关研究中，确定白质高信号区域是一个基本的问题。一般认为，由专业的影像科医生或受过培训的人员手动分割的结果是金标准。然而，手动分割费时费力。因而，研究者提出了许多自动半自动的分割工具。本文将对几种常用的白质高信号自动分割工具的用法进行简单介绍。

数据可视化：和弦图

Sun, 19 Sep 2021 00:00:00 +0000

和弦图用于展示不同实体之间的关系，在脑网络研究中也经常使用。本文将介绍一个绘制和弦图的网站并演示其用法。

文献总结-从儿童期到青少年期结构共变网络的改变

Sun, 12 Sep 2021 00:00:00 +0000

期刊：Scientific Reports, (2021)11:9415

摘要
#

结构共变（SCN）是指在群体水平上不同大脑区域形态学指标之间的相关。它可以为发育期功能性网络模块的形成提供皮层结构的信息。本研究探究了从儿童期到青少年期大脑结构共变网络的变化模式，而这一时期会发生明显的大脑结构性的重组。本研究的被试在他们8.5岁到14.5岁之间进行了核磁扫描。研究者使用滑动时间窗方法选择一组被试作为“age-bin”，在每个“age-bin”上建模得到结构共变网络。之后，研究者使用广义加性模型（GAM）检查网络属性的随龄变化模式。结果显示了平均连接强度和网络密度的非线性变化轨迹。这表明在青少年早期阶段存在一段皮层结构属性趋同的时期，对应于前人研究中的脑区特异化现象。在儿童后期，感觉运动区域出现了一些“Hub”脑区。然而，到了青少年中期，联合皮层中的“Hub”节点范围和强度都出现了增加。此外，这些脑区水平的改变与发育期皮层变薄的速率相关。在对典型功能性网络连接的研究中发现，额顶、默认和注意网络均表现出了网络内部和网络之间共变性的随龄增加。本研究发现的脑区和脑网络层面上的发育模式，与青少年早期社会情绪和其他通过高级认知网络支持的复杂执行功能，在这一时期发生的一系列改变是一致的。

周总结-并行/annot文件/ggplot2字体

Fri, 03 Sep 2021 00:00:00 +0000

Python并行处理
#

Python 中的concurrent包提供了对于并行运行的接口，包括进程级并行和线程级并行。下面是一个例子。

周总结-GRETNA/CAT12

Mon, 30 Aug 2021 00:00:00 +0000

本文记录了上周笔者在使用GRETNA和CAT12中遇到的一些问题和想法。

Python作图-Heatmap

Sun, 22 Aug 2021 00:00:00 +0000

本文用于记录笔者在使用seaborn绘制heatmap中遇到的一些问题和解决方法。

远程Jupyter Notebook设置

Thu, 24 Jun 2021 00:00:00 +0000

通过Jupyter可以使用远端服务器的计算资源，以下是设置步骤。

Python函数参数中的“*”

Thu, 17 Jun 2021 00:00:00 +0000

Python中，*除了可用于乘法和乘方运算外，还可以把它放在函数形式参数的前面，用来传递多个参数或进行参数的拆解。下面简单介绍后者的用法。

医学影像技术笔记-01-DICOM文件方向

Wed, 02 Jun 2021 00:00:00 +0000

本文为B站up主@智能医学成像-贾广相关视频的笔记。

DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) 是医学成像领域通用的数据格式，被广泛应用于各种医学成像设备当中，包括但不限于CT、超声、核磁共振等设备。

Singularity-03-创建镜像

Tue, 01 Jun 2021 00:00:00 +0000

在Windows 10的Linux子系统（WLS）中安装singularity(version=2.6.0)，并创建镜像。

Linux-sudo xxx 无法找到命令

Mon, 31 May 2021 00:00:00 +0000

问题描述
#

安装singularity后，将其安装路径通过.bashrc文件添加进PATH，并重新载入.bashrc. 尝试运行singularity，正常可用。但运行sudo singularity时，提示无法找到此命令。

使用CAT12可视化皮层Surface指标

Thu, 27 May 2021 00:00:00 +0000

CAT12作为一种常用的神经影像数据处理和分析工具包，它提供了很多实用的功能，包括但不限于完整的VBM和SBM分析模块以及相关的统计模块。这里简单记录一下笔者使用CAT12在显示皮层厚度时遇到的问题和相应的解决方法。

问题描述
#

CAT12的GUI窗口中有个Display Surface的按钮（图1），可以在窗口中通过选择并显示相应的.gii文件（可以显示的文件有surf/[r|l]h.[sphere|central].name.gii）。但是对于重采样后的皮层指标，例如皮层厚度thickness (文件名为surf/s[fwhm].mesh.thickness.resampled.name.gii)，却不能通过相同的方式去显示。

全屏模式Dock栏不消失

Wed, 26 May 2021 00:00:00 +0000

环境
#

OS: MacOS Catalina (10.15.7)

Singularity-02-常见问题汇总

Thu, 20 May 2021 00:00:00 +0000

ERROR : Base home directory does not exist within the container: /brain
#

用沙盒模式创建镜像，然后以交互方式进入镜像后创建/brain目录。之后将沙盒格式的镜像打包为.img文件即可。

Singularity-01-安装

Wed, 19 May 2021 00:00:00 +0000

简单来讲，Singularity是一种可以跨平台执行的小型虚拟机。在数据分析时，首先往往要搭建运行环境，比如R，python等。为了保证结果的可靠性，通常要保证跨设备环境的一致性。但是在跨运算设备之间搭建相同的环境是一项比较麻烦的事情。因此，如果只搭建一次环境，就可以在各个设备上使用，就比较轻松了。Singularity和Docker就提供了这样的功能。笔者在这里使用Singularity1，版本为2.4.6。

作图-R语言中的冲击图(Alluvial)

Sat, 08 May 2021 00:00:00 +0000

冲击图可以非常直观地描述一组观测值的多个离散变量的情况。

R语言中生成冲击图需要依赖包ggalluvial. 使用以下代码安装依赖包。

文献笔记-大脑功能网络的分离与整合

Wed, 05 May 2021 00:00:00 +0000

Title
#

Segregated systems of human brain networks

R语言基本统计

Tue, 04 May 2021 00:00:00 +0000

本文为笔者在学习b站up主@学术数据分析及可视化相关视频的笔记。文中只是笔者个人的理解，描述也只是便于自己理解。在使用相关内容时，还需要进一步查看相关的手册或帮助文档。

作图-ggplot2中的直方图和条形图

Mon, 19 Apr 2021 00:00:00 +0000

本文用于记录ggplot2作图相关的代码，会不定期更新。

示例数据格式为

文献笔记-大脑功能网络中体现的左右半球和性别差异

Sun, 18 Apr 2021 00:00:00 +0000

Title
#

Hemisphere- and gender-related differences in small-world brain networks: A resting-state functional MRI study

文献笔记-抑郁症大脑功能网络拓扑属性的改变

Fri, 16 Apr 2021 00:00:00 +0000

Title
#

Disrupted Brain Connectivity Networks in Drug-Naive, First-Episode Major Depressive Disorder

什么是效应量？

Wed, 14 Apr 2021 00:00:00 +0000

统计当中，假设检验和P值可以给我们提供关于假设为真的可能性。例如双样本t检验可以报告两组样本所对应总体均值存在差异的可能性。若可能性小于一个比较小的值（通常设置为0.05），那我们认为在一次试验中，小概率事件不可能发生，所以拒绝零假设成立。但是我们只是知道了这两组有多大的概率相等，并不知道两组具体有多大的差异。因此我们需要引入效应量的概念。

fMRI上广义线性模型建模简述

Fri, 09 Apr 2021 00:00:00 +0000

在对fMRI数据，尤其是task-fMRI数据进行分析的时候，利用广义线性模型进行建模是很重要的一步。这里简单记录一下自己关于这部分的理解。

移动硬盘图标异常

Thu, 08 Apr 2021 00:00:00 +0000

问题描述：访达侧边栏移动硬盘的图标显示如图1，感觉是不正常的显示。图2为正常显示的图标。

全屏模式下iTerm2标题栏闪动

Wed, 07 Apr 2021 00:00:00 +0000

起因
#

在更新BigSur之后的某一天，突然发现iTerm2在全屏模式下，顶部不时会出现一条白色的线闪动。后来在一个论坛里面看到有人说貌似是系统的问题。但是很奇怪，室友的电脑上就没有这样的情况。中间也试过重装系统（PS：强迫症重度患者），但还是会出现。

利用blogdown建立个人博客

Sun, 04 Apr 2021 00:00:00 +0000

准备工作
#

安装RStudio和R包blogdown。

桑峰

关于

关于此处 #

午后散步

R语言中的异常处理：TryCatch

周总结-心理统计学笔记

单样本设计 #

单样本的z检验 #

周总结-tibble中添加行

Add a new row into a empty tibble in R #

Neurology | 利用神经解剖规范化建模揭示AD个体水平的神经解剖异质性

《心理统计学》笔记

周总结-ggplot2作图

用ggplot2做饼图（Pie plot） #

修改.label.gii文件的颜色 #

周总结-DICE分数

两个集合计算DICE分数并评估显著性 #

周总结-数据转换

转换数据 #

周总结-slumr作业系统/AUC计算/传输数据

slumr作业调度系统 #

典型相关分析CCA

论文写作：完美诞生自计划

R包安装报错

Error: C++14 standard requested but CXX14 is not defined #

RMarkdown和ggplot2

R Markdown图表交叉引用 #

配准方法示例

对PET图像进行归中心处理

FreeSurfer笔记[2]

The measures about curvatures #

mris_curvature_stats #

FreeSurfer笔记[1]

Outputs #

CIFTI文件的读取和可视化

Singularity-05-Matlab&fmriprep

运行MATLAB #

下载templateflow

Singularity-04-安装MATLAB

确定图像中的cluster

问题 #

Python for Neuroimage data

DICOM文件 #

周总结-自定义Colormap/误差棒柱状图

自定义Colormap #

Toolbox for WMH

介绍 #

数据可视化：和弦图

文献总结-从儿童期到青少年期结构共变网络的改变

摘要 #

周总结-并行/annot文件/ggplot2字体

Python并行处理 #

周总结-GRETNA/CAT12

Python作图-Heatmap

远程Jupyter Notebook设置

Python函数参数中的“*”

医学影像技术笔记-01-DICOM文件方向

Singularity-03-创建镜像

Linux-sudo xxx 无法找到命令

问题描述 #

使用CAT12可视化皮层Surface指标

问题描述 #

全屏模式Dock栏不消失

环境 #

Singularity-02-常见问题汇总

ERROR : Base home directory does not exist within the container: /brain #

Singularity-01-安装

作图-R语言中的冲击图(Alluvial)

文献笔记-大脑功能网络的分离与整合

Title #

R语言基本统计

相关 #

作图-ggplot2中的直方图和条形图

文献笔记-大脑功能网络中体现的左右半球和性别差异

Title #

文献笔记-抑郁症大脑功能网络拓扑属性的改变

Title #

什么是效应量？

fMRI上广义线性模型建模简述

移动硬盘图标异常

关于此处
#

单样本设计
#

单样本的z检验
#

Add a new row into a empty tibble in R
#

用ggplot2做饼图（Pie plot）
#

修改.label.gii文件的颜色
#

两个集合计算DICE分数并评估显著性
#

转换数据
#

slumr作业调度系统
#

Error: C++14 standard requested but CXX14 is not defined
#

R Markdown图表交叉引用
#

The measures about curvatures
#

mris_curvature_stats
#

Outputs
#

运行MATLAB
#

问题
#

DICOM文件
#

自定义Colormap
#

介绍
#

摘要
#

Python并行处理
#

问题描述
#

问题描述
#

环境
#

ERROR : Base home directory does not exist within the container: /brain
#

Title
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相关
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Title
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Title
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起因
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准备工作
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