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桑峰

Singularity-01-安装

·1 分钟
系统/工具 Singularity Install
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简单来讲，Singularity是一种可以跨平台执行的小型虚拟机。在数据分析时，首先往往要搭建运行环境，比如R，python等。为了保证结果的可靠性，通常要保证跨设备环境的一致性。但是在跨运算设备之间搭建相同的环境是一项比较麻烦的事情。因此，如果只搭建一次环境，就可以在各个设备上使用，就比较轻松了。Singularity和Docker就提供了这样的功能。笔者在这里使用Singularity1，版本为2.4.6。

安装依赖库
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Ubuntu
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sudo apt-get update
sudo apt-get install python dh-autoreconf build-essential libarchive-dev

CentOS
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sudo yum update
sudo yum groupinstall 'Development Tools'
sudo yum install libarchive-devel

编译安装
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VER=2.4.6
wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VER/singularity-$VER.tar.gz
tar xvf singularity-$VER.tar.gz
cd singularity-$VER
./autogen.sh
./configure --prefix="/usr/local/singularity-${VER}"
make
sudo make install

将**/usr/local/singularity-2.4.6/bin添加进$PATH**并重新加载配置文件。

echo "export $PATH=/usr/local/singularity-2.4.6/bin:$PATH" > ~/.bashrc
source ~/.bashrc

图1. 显示singularity版本

参考
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