CAT12作为一种常用的神经影像数据处理和分析工具包，它提供了很多实用的功能，包括但不限于完整的VBM和SBM分析模块以及相关的统计模块。这里简单记录一下笔者使用CAT12在显示皮层厚度时遇到的问题和相应的解决方法。
问题描述#
CAT12的GUI窗口中有个Display Surface的按钮（图1），可以在窗口中通过选择并显示相应的.gii文件（可以显示的文件有surf/[r|l]h.[sphere|central].name.gii）。但是对于重采样后的皮层指标，例如皮层厚度thickness (文件名为surf/s[fwhm].mesh.thickness.resampled.name.gii)，却不能通过相同的方式去显示。
图1. CAT12图形化界面
解决方法#
首先查询CAT12手册，但是手册中并没有相关的描述。进而在CAT12帮助界面中查找。发现在Surface tools中有关于可视化皮层数据的相关函数的介绍和演示（图2）。
图2. CAT12帮助界面
随后确定cat_surf_display函数可以进行皮层指标的可视化，同时GUI中的Display Surface按钮调用的也是这个函数。通过help cat_surf_display查看该函数的说明，确定函数的输入参数以及参数的格式。最终，用于可视化皮层厚度的代码如下：
皮层厚度文件为surf/s15.mesh.thickness.resampled.anat.gii，显示效果如图3。
cat_surf_display(struct('data', 'surf/s15.mesh.thickness.resampled.anat.gii', 'usefsaverage', 1, 'multisurf', 1, 'dpi', 1500, 'caxis', [0, 3], 'colormap', 'autumn'))
图3. 皮层厚度显示效果
另外，可以在弹出的绘图窗口上，右键单击来调整显示的参数和保存图片（图4）。
图4. 显示参数调节
相关连接#
[1] http://141.35.69.218/cat/index.html