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数据可视化:和弦图

·2 分钟

和弦图用于展示不同实体之间的关系,在脑网络研究中也经常使用。本文将介绍一个绘制和弦图的网站并演示其用法。

网址:https://charticulator.com

数据准备
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首先准备两个表格,内容分为为和弦图中的节点信息和连边的信息,对应示例中的node.csv和link.csv。

node.csv中必须包含id列,用于唯一标识和弦图中的节点。示例中的节点为Schaefer等人在2018年发布的100个脑区的脑图谱。其他列为可选列,可以用来指定和弦图中节点的大小等。

link.csv中必须包含source_id和target_id列,其值为node.csv中id的值。link.csv中每一行表示和弦图中一条连边。同样,其他列为可选列,可以指定和弦图中连边的宽度等。

步骤
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加载数据
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打开网站后,将node.csv和link.csv分别拖动到Node和Links,然后点击Done即可完成数据的加载。之后网页会跳转到绘图页面。

添加节点
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第一步,点击顶栏的矩形块,并在绘图区插入选中的矩形块,会自动添加与node.csv文件中指定的节点个数相等的矩形块。 第二步,将id拖动到矩形块的color属性上,用不同的颜色来区分节点。 第三步,将矩形块按照x轴堆叠的方式排列,并设置为极坐标显示。 第四步,调整矩形块的内外环半径。

添加连边
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第一步,点击顶栏的边按钮,添加连边。 第二步,将target_id的颜色设置为连边的颜色。 第三步,将连边权重值设置为边的宽度。

添加文本
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第一步,点击顶栏文本按钮。 第二步,将id拖动到添加的文本元素上。 第三步,调整文本的方向和大小。

导出图片
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点击保存按钮,并调整dpi后,得到最终的图片。

参考文献
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脑图谱文章:Schaefer, Alexander, Ru Kong, Evan M. Gordon, Timothy O. Laumann, Xi-Nian Zuo, Avram J. Holmes, Simon B. Eickhoff, and B. T. Thomas Yeo. 2018. “Local-Global Parcellation of the Human Cerebral Cortex from Intrinsic Functional Connectivity MRI.” Cerebral Cortex 28(9):3095–3114. doi: 10.1093/cercor/bhx179.