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Singularity-05-Matlab&fmriprep

运行MATLAB
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使用matlab镜像运行matlab可使用如下命令:

singularity exec matlab-r2020a.img matlab -batch xxx

其中matlab-r2020a.img为镜像名称,xxx为matlab脚本,不包含.m。

运行fmriprep
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脑院高性能平台最高支持fmriprep版本为20.1.3,版本再高会报告I/O异常的错误。

在镜像中运行fmriprep的命令(不同版本的命令有些许差异,这里以20.1.3为例)如下:

singularity exec fmriprep-20.1.3.simg fmriprep data-test/ fres_data-test/ participant \
--skip_bids_validation \
--participant_label 12002 \
-w fwk_data-test/ \
--verbose \
--fs-license-file license_lin.txt

其中fmriprep-20.1.3.simg为镜像名称。data-test为存放所有被试的文件夹。

运行smriprep的命令如下:

singularity exec fmriprep-20.1.3.simg smriprep data-test/ sres_data-test/ participant \
--pariticipant_label 12002 \
-w fwk_data-test/ \
--fs-license-file license_lin.txt