Python on 桑峰

周总结-ggplot2作图

Thu, 27 Jul 2023 00:00:00 +0000

用ggplot2做饼图（Pie plot）
#

library(tidyverse)

── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr 1.2.1 ✔ readr 2.2.0
✔ forcats 1.0.1 ✔ stringr 1.6.0
✔ ggplot2 4.0.3 ✔ tibble 3.3.1
✔ lubridate 1.9.5 ✔ tidyr 1.3.2
✔ purrr 1.2.2 
── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors

dat <- tibble(y = c(1, 2, 3, 4), x = c('A', 'B', 'C', 'D'), color = c("#A6C9D5", "#B3DF7F", "#B76ED5", "#DA9083"))
dat

# A tibble: 4 × 3
 y x color 
 <dbl> <chr> <chr> 
1 1 A #A6C9D5
2 2 B #B3DF7F
3 3 C #B76ED5
4 4 D #DA9083

dat %>% 
 # 让四种类型堆叠在一起，用不同的颜色填充
 ggplot(aes(x = '', y = y, fill = x)) + 
 geom_bar(width = 1, stat = 'identity') +
 coord_polar("y", start = 0) +
 labs(fill = 'X', title = 'Title') +
 scale_fill_manual(values = dat$color) +
 theme_minimal(base_size = 20) +
 theme(
 axis.title.x = element_blank(),
 axis.title.y = element_blank(),
 panel.border = element_blank(),
 panel.grid = element_blank(),
 axis.ticks = element_blank(),
 plot.title = element_text(size = 14, face = 'bold'),
 axis.text.x = element_blank(),
 legend.position = 'right'
 )

# 输出图片的大小
# ggsave('filepath.pdf', width = 14, height = 8)

修改.label.gii文件的颜色
#

import nibabel as nib
import matplotlib as mpl

lhGiiPath = 'xxx.label.gii'
lhGii = nib.load(lhGiiPath)
lhGii.labeltable.labels[0].rgba = mpl.colors.to_rgba('#ABCD11FF')
nib.save(lhGii, 'new_xxx.label.gii')

其中label.gii文件中的颜色信息可以通过lhGii.labeltable.labels返回；通过对其赋值可以修改对应的颜色；

确定图像中的cluster

Wed, 19 Jan 2022 00:00:00 +0000

问题
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我们在对神经影像数据做完统计后（例如ICA），会得到相应的mask二值文件。但是有些情况下，我们还需要进一步对mask中每一个cluster进行分析（例如计算mask中每个cluster之间的功能连接）。所以我们需要从mask文件中得到每一个cluster。由于没有想到有哪个现成的工具包可以解决上述的问题。因此，本文试图用自己的方式去解决上述的问题。

Python for Neuroimage data

Sat, 20 Nov 2021 00:00:00 +0000

DICOM文件
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DICOM格式是医学成像设备输出的统一的文件格式，它包含数据头信息和数据信息两部分。其中头信息包含扫描设备的信息以及被试的信息等，另外还包括其他关于数据的元信息。数据部分是扫描设备采集到扫描物体的信号值。

周总结-并行/annot文件/ggplot2字体

Fri, 03 Sep 2021 00:00:00 +0000

Python并行处理
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Python 中的concurrent包提供了对于并行运行的接口，包括进程级并行和线程级并行。下面是一个例子。

Python函数参数中的“*”

Thu, 17 Jun 2021 00:00:00 +0000

Python中，*除了可用于乘法和乘方运算外，还可以把它放在函数形式参数的前面，用来传递多个参数或进行参数的拆解。下面简单介绍后者的用法。

Python on 桑峰

周总结-ggplot2作图

用ggplot2做饼图（Pie plot） #

修改.label.gii文件的颜色 #